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El significado de su nombre es de origen náhuatl: "Sobre las nueve aguas". Los primeros pobladores del lugar se registran en el siglo VII d.C. siendo chichimecas bajo el mando de Chichimecuatehuipli; Coatenco.

Con la llegada de Hernán Cortés en el año de 1481 se fundó Tetehuitic "Cerro de las Pirámides", donde rendían culto a Mixcóatl, dios de la lluvia. En 1527, Juan Alonso León establece la población en los montes con el nombre de Santiago Chiquinahuitle que significa "Nueve ojos de agua". Ya en el Gobierno de Don Luis Ambrosio Centence y de Alonso de Santiago, vino una tribu de aztecas que formaron sus hogares a la orilla de los nueve ojos de agua y se pusieron a las órdenes del nuevo Gobernador. Tiempo después arribaron los misioneros Fraciscanos de Zacatlán a Chignahuapan para desde allí evangelizar a la región. Durante un tiempo este lugar fue llamado Santiago Chignahuapan pero una vez obtenida la categoría de Villa en el año de 1847, se le conoció como Villa de Chignahuapan.